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400
libsvm-3.36/matlab/svm_model_matlab.c
Normal file
@@ -0,0 +1,400 @@
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#include <stdlib.h>
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#include <string.h>
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#include "svm.h"
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#include "mex.h"
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#ifdef MX_API_VER
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#if MX_API_VER < 0x07030000
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typedef int mwIndex;
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#endif
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#endif
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#define NUM_OF_RETURN_FIELD 12
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#define Malloc(type,n) (type *)malloc((n)*sizeof(type))
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static const char *field_names[] = {
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"Parameters",
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"nr_class",
|
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"totalSV",
|
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"rho",
|
||||
"Label",
|
||||
"sv_indices",
|
||||
"ProbA",
|
||||
"ProbB",
|
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"Prob_density_marks",
|
||||
"nSV",
|
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"sv_coef",
|
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"SVs"
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};
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const char *model_to_matlab_structure(mxArray *plhs[], int num_of_feature, struct svm_model *model)
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{
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int i, j, n;
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double *ptr;
|
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mxArray *return_model, **rhs;
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int out_id = 0;
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rhs = (mxArray **)mxMalloc(sizeof(mxArray *)*NUM_OF_RETURN_FIELD);
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// Parameters
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rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(5, 1, mxREAL);
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||||
ptr = mxGetPr(rhs[out_id]);
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||||
ptr[0] = model->param.svm_type;
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||||
ptr[1] = model->param.kernel_type;
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||||
ptr[2] = model->param.degree;
|
||||
ptr[3] = model->param.gamma;
|
||||
ptr[4] = model->param.coef0;
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out_id++;
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// nr_class
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||||
rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(1, 1, mxREAL);
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[out_id]);
|
||||
ptr[0] = model->nr_class;
|
||||
out_id++;
|
||||
|
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// total SV
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||||
rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(1, 1, mxREAL);
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||||
ptr = mxGetPr(rhs[out_id]);
|
||||
ptr[0] = model->l;
|
||||
out_id++;
|
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// rho
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||||
n = model->nr_class*(model->nr_class-1)/2;
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||||
rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(n, 1, mxREAL);
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[out_id]);
|
||||
for(i = 0; i < n; i++)
|
||||
ptr[i] = model->rho[i];
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out_id++;
|
||||
|
||||
// Label
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||||
if(model->label)
|
||||
{
|
||||
rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(model->nr_class, 1, mxREAL);
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[out_id]);
|
||||
for(i = 0; i < model->nr_class; i++)
|
||||
ptr[i] = model->label[i];
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(0, 0, mxREAL);
|
||||
out_id++;
|
||||
|
||||
// sv_indices
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||||
if(model->sv_indices)
|
||||
{
|
||||
rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(model->l, 1, mxREAL);
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[out_id]);
|
||||
for(i = 0; i < model->l; i++)
|
||||
ptr[i] = model->sv_indices[i];
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(0, 0, mxREAL);
|
||||
out_id++;
|
||||
|
||||
// probA
|
||||
if(model->probA != NULL)
|
||||
{
|
||||
rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(n, 1, mxREAL);
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[out_id]);
|
||||
for(i = 0; i < n; i++)
|
||||
ptr[i] = model->probA[i];
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(0, 0, mxREAL);
|
||||
out_id ++;
|
||||
|
||||
// probB
|
||||
if(model->probB != NULL)
|
||||
{
|
||||
rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(n, 1, mxREAL);
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[out_id]);
|
||||
for(i = 0; i < n; i++)
|
||||
ptr[i] = model->probB[i];
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(0, 0, mxREAL);
|
||||
out_id++;
|
||||
|
||||
// prob_density_marks
|
||||
if(model->prob_density_marks != NULL)
|
||||
{
|
||||
int nr_marks = 10;
|
||||
rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(nr_marks, 1, mxREAL);
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[out_id]);
|
||||
for(i = 0; i < nr_marks; i++)
|
||||
ptr[i] = model->prob_density_marks[i];
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(0, 0, mxREAL);
|
||||
out_id++;
|
||||
|
||||
// nSV
|
||||
if(model->nSV)
|
||||
{
|
||||
rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(model->nr_class, 1, mxREAL);
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[out_id]);
|
||||
for(i = 0; i < model->nr_class; i++)
|
||||
ptr[i] = model->nSV[i];
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(0, 0, mxREAL);
|
||||
out_id++;
|
||||
|
||||
// sv_coef
|
||||
rhs[out_id] = mxCreateDoubleMatrix(model->l, model->nr_class-1, mxREAL);
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[out_id]);
|
||||
for(i = 0; i < model->nr_class-1; i++)
|
||||
for(j = 0; j < model->l; j++)
|
||||
ptr[(i*(model->l))+j] = model->sv_coef[i][j];
|
||||
out_id++;
|
||||
|
||||
// SVs
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||||
{
|
||||
int ir_index, nonzero_element;
|
||||
mwIndex *ir, *jc;
|
||||
mxArray *pprhs[1], *pplhs[1];
|
||||
|
||||
if(model->param.kernel_type == PRECOMPUTED)
|
||||
{
|
||||
nonzero_element = model->l;
|
||||
num_of_feature = 1;
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
nonzero_element = 0;
|
||||
for(i = 0; i < model->l; i++) {
|
||||
j = 0;
|
||||
while(model->SV[i][j].index != -1)
|
||||
{
|
||||
nonzero_element++;
|
||||
j++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
// SV in column, easier accessing
|
||||
rhs[out_id] = mxCreateSparse(num_of_feature, model->l, nonzero_element, mxREAL);
|
||||
ir = mxGetIr(rhs[out_id]);
|
||||
jc = mxGetJc(rhs[out_id]);
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[out_id]);
|
||||
jc[0] = ir_index = 0;
|
||||
for(i = 0;i < model->l; i++)
|
||||
{
|
||||
if(model->param.kernel_type == PRECOMPUTED)
|
||||
{
|
||||
// make a (1 x model->l) matrix
|
||||
ir[ir_index] = 0;
|
||||
ptr[ir_index] = model->SV[i][0].value;
|
||||
ir_index++;
|
||||
jc[i+1] = jc[i] + 1;
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
int x_index = 0;
|
||||
while (model->SV[i][x_index].index != -1)
|
||||
{
|
||||
ir[ir_index] = model->SV[i][x_index].index - 1;
|
||||
ptr[ir_index] = model->SV[i][x_index].value;
|
||||
ir_index++, x_index++;
|
||||
}
|
||||
jc[i+1] = jc[i] + x_index;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
// transpose back to SV in row
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||||
pprhs[0] = rhs[out_id];
|
||||
if(mexCallMATLAB(1, pplhs, 1, pprhs, "transpose"))
|
||||
return "cannot transpose SV matrix";
|
||||
rhs[out_id] = pplhs[0];
|
||||
out_id++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* Create a struct matrix contains NUM_OF_RETURN_FIELD fields */
|
||||
return_model = mxCreateStructMatrix(1, 1, NUM_OF_RETURN_FIELD, field_names);
|
||||
|
||||
/* Fill struct matrix with input arguments */
|
||||
for(i = 0; i < NUM_OF_RETURN_FIELD; i++)
|
||||
mxSetField(return_model,0,field_names[i],mxDuplicateArray(rhs[i]));
|
||||
/* return */
|
||||
plhs[0] = return_model;
|
||||
mxFree(rhs);
|
||||
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
|
||||
struct svm_model *matlab_matrix_to_model(const mxArray *matlab_struct, const char **msg)
|
||||
{
|
||||
int i, j, n, num_of_fields;
|
||||
double *ptr;
|
||||
int id = 0;
|
||||
struct svm_node *x_space;
|
||||
struct svm_model *model;
|
||||
mxArray **rhs;
|
||||
|
||||
num_of_fields = mxGetNumberOfFields(matlab_struct);
|
||||
if(num_of_fields != NUM_OF_RETURN_FIELD)
|
||||
{
|
||||
*msg = "number of return field is not correct";
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
rhs = (mxArray **) mxMalloc(sizeof(mxArray *)*num_of_fields);
|
||||
|
||||
for(i=0;i<num_of_fields;i++)
|
||||
rhs[i] = mxGetFieldByNumber(matlab_struct, 0, i);
|
||||
|
||||
model = Malloc(struct svm_model, 1);
|
||||
model->rho = NULL;
|
||||
model->probA = NULL;
|
||||
model->probB = NULL;
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||||
model->prob_density_marks = NULL;
|
||||
model->label = NULL;
|
||||
model->sv_indices = NULL;
|
||||
model->nSV = NULL;
|
||||
model->free_sv = 1; // XXX
|
||||
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[id]);
|
||||
model->param.svm_type = (int)ptr[0];
|
||||
model->param.kernel_type = (int)ptr[1];
|
||||
model->param.degree = (int)ptr[2];
|
||||
model->param.gamma = ptr[3];
|
||||
model->param.coef0 = ptr[4];
|
||||
id++;
|
||||
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[id]);
|
||||
model->nr_class = (int)ptr[0];
|
||||
id++;
|
||||
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[id]);
|
||||
model->l = (int)ptr[0];
|
||||
id++;
|
||||
|
||||
// rho
|
||||
n = model->nr_class * (model->nr_class-1)/2;
|
||||
model->rho = (double*) malloc(n*sizeof(double));
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[id]);
|
||||
for(i=0;i<n;i++)
|
||||
model->rho[i] = ptr[i];
|
||||
id++;
|
||||
|
||||
// label
|
||||
if(mxIsEmpty(rhs[id]) == 0)
|
||||
{
|
||||
model->label = (int*) malloc(model->nr_class*sizeof(int));
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[id]);
|
||||
for(i=0;i<model->nr_class;i++)
|
||||
model->label[i] = (int)ptr[i];
|
||||
}
|
||||
id++;
|
||||
|
||||
// sv_indices
|
||||
if(mxIsEmpty(rhs[id]) == 0)
|
||||
{
|
||||
model->sv_indices = (int*) malloc(model->l*sizeof(int));
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[id]);
|
||||
for(i=0;i<model->l;i++)
|
||||
model->sv_indices[i] = (int)ptr[i];
|
||||
}
|
||||
id++;
|
||||
|
||||
// probA
|
||||
if(mxIsEmpty(rhs[id]) == 0)
|
||||
{
|
||||
model->probA = (double*) malloc(n*sizeof(double));
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[id]);
|
||||
for(i=0;i<n;i++)
|
||||
model->probA[i] = ptr[i];
|
||||
}
|
||||
id++;
|
||||
|
||||
// probB
|
||||
if(mxIsEmpty(rhs[id]) == 0)
|
||||
{
|
||||
model->probB = (double*) malloc(n*sizeof(double));
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[id]);
|
||||
for(i=0;i<n;i++)
|
||||
model->probB[i] = ptr[i];
|
||||
}
|
||||
id++;
|
||||
|
||||
// prob_density_marks
|
||||
if(mxIsEmpty(rhs[id]) == 0)
|
||||
{
|
||||
int nr_marks = 10;
|
||||
model->prob_density_marks = (double*) malloc(nr_marks*sizeof(double));
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[id]);
|
||||
for(i=0;i<nr_marks;i++)
|
||||
model->prob_density_marks[i] = ptr[i];
|
||||
}
|
||||
id++;
|
||||
|
||||
// nSV
|
||||
if(mxIsEmpty(rhs[id]) == 0)
|
||||
{
|
||||
model->nSV = (int*) malloc(model->nr_class*sizeof(int));
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[id]);
|
||||
for(i=0;i<model->nr_class;i++)
|
||||
model->nSV[i] = (int)ptr[i];
|
||||
}
|
||||
id++;
|
||||
|
||||
// sv_coef
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[id]);
|
||||
model->sv_coef = (double**) malloc((model->nr_class-1)*sizeof(double));
|
||||
for( i=0 ; i< model->nr_class -1 ; i++ )
|
||||
model->sv_coef[i] = (double*) malloc((model->l)*sizeof(double));
|
||||
for(i = 0; i < model->nr_class - 1; i++)
|
||||
for(j = 0; j < model->l; j++)
|
||||
model->sv_coef[i][j] = ptr[i*(model->l)+j];
|
||||
id++;
|
||||
|
||||
// SV
|
||||
{
|
||||
int sr, elements;
|
||||
int num_samples;
|
||||
mwIndex *ir, *jc;
|
||||
mxArray *pprhs[1], *pplhs[1];
|
||||
|
||||
// transpose SV
|
||||
pprhs[0] = rhs[id];
|
||||
if(mexCallMATLAB(1, pplhs, 1, pprhs, "transpose"))
|
||||
{
|
||||
svm_free_and_destroy_model(&model);
|
||||
*msg = "cannot transpose SV matrix";
|
||||
return NULL;
|
||||
}
|
||||
rhs[id] = pplhs[0];
|
||||
|
||||
sr = (int)mxGetN(rhs[id]);
|
||||
|
||||
ptr = mxGetPr(rhs[id]);
|
||||
ir = mxGetIr(rhs[id]);
|
||||
jc = mxGetJc(rhs[id]);
|
||||
|
||||
num_samples = (int)mxGetNzmax(rhs[id]);
|
||||
|
||||
elements = num_samples + sr;
|
||||
|
||||
model->SV = (struct svm_node **) malloc(sr * sizeof(struct svm_node *));
|
||||
x_space = (struct svm_node *)malloc(elements * sizeof(struct svm_node));
|
||||
|
||||
// SV is in column
|
||||
for(i=0;i<sr;i++)
|
||||
{
|
||||
int low = (int)jc[i], high = (int)jc[i+1];
|
||||
int x_index = 0;
|
||||
model->SV[i] = &x_space[low+i];
|
||||
for(j=low;j<high;j++)
|
||||
{
|
||||
model->SV[i][x_index].index = (int)ir[j] + 1;
|
||||
model->SV[i][x_index].value = ptr[j];
|
||||
x_index++;
|
||||
}
|
||||
model->SV[i][x_index].index = -1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
id++;
|
||||
}
|
||||
mxFree(rhs);
|
||||
|
||||
return model;
|
||||
}
|
||||
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