rmontanana/Folding
1
0
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base: rmontanana:v1.0.1
Branches Tags
rmontanana:main
rmontanana:v1.1.2 rmontanana:v1.1.1 rmontanana:v1.1.0 rmontanana:v1.0.1
..
compare: rmontanana:main
Branches Tags
rmontanana:main
rmontanana:v1.1.2 rmontanana:v1.1.1 rmontanana:v1.1.0 rmontanana:v1.0.1

25 Commits
v1.0.1 ... main

Author SHA1 Message Date
Ricardo Montañana Gómez
eae8e60163 Merge pull request 'Create version 1.1.2' (#2) from 112 into main 
Reviewed-on: #2
 2025-07-19 17:51:24 +00:00
Ricardo Montañana
a07a215780 Update changelog 2025-07-19 19:44:35 +02:00
Ricardo Montañana
0e95aa28fc Update version to 1.1.2 2025-07-19 19:37:45 +02:00
Ricardo Montañana
8b2547aa02 Complete configuration 2025-07-16 22:30:05 +02:00
Ricardo Montañana
6b6a3fa49f Update cmake and make build and conan 2025-07-16 18:48:49 +02:00
Ricardo Montañana
5324227030 Remove CMakeUserPresets 2025-07-16 16:07:58 +02:00
Ricardo Montañana
61c44b43a6 Add libtorch 2.7.1 dependency 2025-07-16 16:03:47 +02:00
Ricardo Montañana Gómez
a43901095c Fix conan package version 2025-06-28 19:54:03 +02:00
Ricardo Montañana Gómez
293135c9af Add conan integration 2025-06-28 19:47:29 +02:00
Ricardo Montañana Gómez
8807cd513c Continue conan integration 2025-06-28 11:06:16 +02:00
Ricardo Montañana Gómez
91df2f5e02 Begin conan integration 2025-06-28 10:52:13 +02:00
Ricardo Montañana Gómez
72053e195a Removed submodules 2025-06-28 00:44:57 +02:00
Ricardo Montañana Gómez
1973ab6fb6 Update gitea ports on readme 2025-04-27 12:00:23 +02:00
Ricardo Montañana Gómez
9652853d69 Merge pull request 'Add quiet parameter to Stratified KFold' (#1) from quiet into main 
Reviewed-on: #1
This parameters enables/disables the output in std::err the Warning messages that produces trying to create a fold that lacks any values of the class
 2024-12-13 17:29:28 +00:00
Ricardo Montañana Gómez
0406322c62 Add tests for the quiet parameter and fix initialization mistake 2024-12-13 14:32:27 +01:00
Ricardo Montañana Gómez
d1335f9f8a Update mdlp version 2024-12-13 13:15:33 +01:00
Ricardo Montañana
deba2a9011 Add parameter quiet to Stratified KFold 
Remove cmake config as it is not used
 2024-12-13 12:58:17 +01:00
Ricardo Montañana Gómez
2ac43e32ac Update program title in README 2024-05-12 10:42:10 +02:00
Ricardo Montañana Gómez
d89949f965 Add logo to README 2024-05-12 10:40:22 +02:00
Ricardo Montañana Gómez
84d1c834d5 Change the place for testing libs mdlp, catch2 and File 
Add copyright headers to source files
 2024-05-12 10:26:24 +02:00
Ricardo Montañana Gómez
030ed6bc1c Remove submodules to change its location 2024-05-11 17:42:36 +02:00
Ricardo Montañana Gómez
38bc00bb05 Refactor stratified build optimizing loops 2024-05-11 14:10:00 +02:00
Ricardo Montañana Gómez
3fac7b95f8 Refactor stratified build removing uneeded structures 2024-05-11 13:44:57 +02:00
Ricardo Montañana Gómez
c7bcc10dfb Refactor folding change order public and private methods 2024-05-11 13:34:50 +02:00
Ricardo Montañana Gómez
306a9e1fc8 Fix stratified when class samples were less than folds 
Add more tests to make them more robust
 2024-05-11 13:25:07 +02:00
184 changed files with 133478 additions and 1410 deletions
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26
.gitignore vendored
View File

@@ -38,3 +38,29 @@ cmake-build*/**
.idea
puml/**
.vscode/settings.json
# CMake generated files
CMakeFiles/
CMakeCache.txt
cmake_install.cmake
compile_commands.json
Makefile
CTestTestfile.cmake
DartConfiguration.tcl
Testing/
CMakePresets.json
# Conan generated files
conan_toolchain.cmake
conan*.sh
deactivate_*.sh
cmakedeps*.cmake
conandeps*.cmake
*-Target-*.cmake
*-debug-*.cmake
*Config*.cmake
*Targets.cmake
Find*.cmake
module-*.cmake
CMakeUserPresets.json
.claude

6
.gitmodules vendored
View File

@@ -1,6 +0,0 @@
[submodule "lib/catch2"]
path = lib/catch2
url = https://github.com/catchorg/Catch2.git
[submodule "lib/mdlp"]
path = lib/mdlp
url = https://github.com/rmontanana/mdlp

12
.vscode/c_cpp_properties.json vendored
View File

@@ -10,8 +10,16 @@
"/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX.sdk/System/Library/Frameworks"
],
"cStandard": "c17",
"cppStandard": "c++17",
"compileCommands": "${workspaceFolder}/cmake-build-release/compile_commands.json"
"cppStandard": "c++17"
},
{
"name": "Linux",
"includePath": [
"${workspaceFolder}/**"
],
"defines": [],
"cStandard": "c17",
"cppStandard": "c++17"
}
],
"version": 4

123
.vscode/launch.json vendored
View File

@@ -1,130 +1,13 @@
{
"version": "0.2.0",
"configurations": [
{
"type": "lldb",
"request": "launch",
"name": "sample",
"program": "${workspaceFolder}/build_debug/sample/BayesNetSample",
"args": [
"-d",
"iris",
"-m",
"TANLd",
"-s",
"271",
"-p",
"/Users/rmontanana/Code/discretizbench/datasets/",
],
//"cwd": "${workspaceFolder}/build/sample/",
},
{
"type": "lldb",
"request": "launch",
"name": "experimentPy",
"program": "${workspaceFolder}/build_debug/src/Platform/b_main",
"args": [
"-m",
"STree",
"--stratified",
"-d",
"iris",
//"--discretize"
// "--hyperparameters",
// "{\"repeatSparent\": true, \"maxModels\": 12}"
],
"cwd": "${workspaceFolder}/../discretizbench",
},
{
"type": "lldb",
"request": "launch",
"name": "gridsearch",
"program": "${workspaceFolder}/build_debug/src/Platform/b_grid",
"args": [
"-m",
"KDB",
"--discretize",
"--continue",
"glass",
"--only",
"--compute"
],
"cwd": "${workspaceFolder}/../discretizbench",
},
{
"type": "lldb",
"request": "launch",
"name": "experimentBayes",
"program": "${workspaceFolder}/build_debug/src/Platform/b_main",
"args": [
"-m",
"TAN",
"--stratified",
"--discretize",
"-d",
"iris",
"--hyperparameters",
"{\"repeatSparent\": true, \"maxModels\": 12}"
],
"cwd": "/home/rmontanana/Code/discretizbench",
},
{
"type": "lldb",
"request": "launch",
"name": "best",
"program": "${workspaceFolder}/build_debug/src/Platform/b_best",
"args": [
"-m",
"BoostAODE",
"-s",
"accuracy",
"--build",
],
"cwd": "${workspaceFolder}/../discretizbench",
},
{
"type": "lldb",
"request": "launch",
"name": "manage",
"program": "${workspaceFolder}/build_debug/src/Platform/b_manage",
"args": [
"-n",
"20"
],
"cwd": "${workspaceFolder}/../discretizbench",
},
{
"type": "lldb",
"request": "launch",
"name": "list",
"program": "${workspaceFolder}/build_debug/src/Platform/b_list",
"args": [],
//"cwd": "/Users/rmontanana/Code/discretizbench",
"cwd": "${workspaceFolder}/../discretizbench",
},
{
"type": "lldb",
"request": "launch",
"name": "test",
"program": "${workspaceFolder}/build_debug/tests/unit_tests",
"args": [
"-c=\"Metrics Test\"",
// "-s",
],
"cwd": "${workspaceFolder}/build/tests",
},
{
"name": "Build & debug active file",
"type": "cppdbg",
"request": "launch",
"program": "${workspaceFolder}/build_debug/bayesnet",
"program": "${workspaceFolder}/build_Debug/tests/unit_tests_folding",
"args": [],
"stopAtEntry": false,
"cwd": "${workspaceFolder}",
"environment": [],
"externalConsole": false,
"MIMode": "lldb",
"preLaunchTask": "CMake: build"
}
"cwd": "${workspaceFolder}/build_Debug/tests",
},
]
}

27
CHANGELOG.md
View File

@@ -5,6 +5,33 @@ All notable changes to this project will be documented in this file.
The format is based on [Keep a Changelog](https://keepachangelog.com/en/1.1.0/),
and this project adheres to [Semantic Versioning](https://semver.org/spec/v2.0.0.html).
## [1.1.2] 2025-07-19
### Changed
- Update cmake and make build and conan integration
- Remove CMakeUserPresets
- Add libtorch 2.7.1 dependency
- Fix conan package version
- Add conan integration for dependency management
- Remove git submodules
## [1.1.1] 2024-12-13
- Added a new parameter `quiet` to enable/disable the warning messages in the Stratified K-Fold partitioning. Default value `true`.
## [1.1.0] 2024-05-11
### Fixed
- Fixed the issue in stratified K-fold when the number of samples of a class is less than the number of folds. Now the algorithm will split the samples evenly among the folds.
### Added
- Refactor stratified build method to remove uneeded structures and optimize loops.
- Refactor the code to improve the readability and maintainability of the code,changing the order of the private, public and protected methods.
- More tests to enhance the robustness of the code.
## [1.0.1] 2024-04-03
### Added

73
CMakeLists.txt
View File

@@ -1,16 +1,12 @@
cmake_minimum_required(VERSION 3.20)
project(Folding
VERSION 1.0.1
VERSION 1.1.2
DESCRIPTION "Folding utility for BayesNet library"
HOMEPAGE_URL "https://github.com/rmontanana/folding"
LANGUAGES CXX
)
if (CODE_COVERAGE AND NOT ENABLE_TESTING)
MESSAGE(FATAL_ERROR "Code coverage requires testing enabled")
endif (CODE_COVERAGE AND NOT ENABLE_TESTING)
find_package(Torch REQUIRED)
if (POLICY CMP0135)
@@ -25,29 +21,78 @@ set(CMAKE_CXX_EXTENSIONS OFF)
set(CMAKE_EXPORT_COMPILE_COMMANDS ON)
set(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} ${TORCH_CXX_FLAGS}")
SET(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -pthread")
# Options
# -------
option(ENABLE_TESTING "Unit testing build" OFF)
# CMakes modules
# --------------
set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/modules ${CMAKE_MODULE_PATH})
include(AddGitSubmodule)
# Subdirectories
# --------------
add_subdirectory(config)
# Testing
# -------
if (ENABLE_TESTING)
MESSAGE("Testing enabled")
add_git_submodule("lib/catch2")
add_git_submodule("lib/Files")
add_git_submodule("lib/mdlp")
find_package(Catch2 REQUIRED)
find_package(arff-files REQUIRED)
find_package(fimdlp REQUIRED)
include(CTest)
add_subdirectory(tests)
endif (ENABLE_TESTING)
# Library
# --------
add_library(folding INTERFACE folding.hpp)
target_include_directories(folding INTERFACE
$<BUILD_INTERFACE:${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}>
$<BUILD_INTERFACE:${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/configured_files/include>
$<INSTALL_INTERFACE:include>
)
# Install
# -------
install(TARGETS folding EXPORT FoldingTargets
INCLUDES DESTINATION include
)
install(EXPORT FoldingTargets
FILE FoldingTargets.cmake
NAMESPACE Folding::
DESTINATION lib/cmake/Folding
)
# Install the main header file
install(FILES folding.hpp
DESTINATION include
)
# Install the generated configuration header
install(FILES "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/configured_files/include/folding_config.h"
DESTINATION include
)
# Install documentation files
install(FILES LICENSE README.md
DESTINATION share/doc/Folding
)
# Create and install package configuration files
include(CMakePackageConfigHelpers)
write_basic_package_version_file(
"${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/FoldingConfigVersion.cmake"
VERSION ${PROJECT_VERSION}
COMPATIBILITY AnyNewerVersion
)
configure_package_config_file(
"${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake/FoldingConfig.cmake.in"
"${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/FoldingConfig.cmake"
INSTALL_DESTINATION lib/cmake/Folding
)
install(FILES
"${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/FoldingConfig.cmake"
"${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/FoldingConfigVersion.cmake"
DESTINATION lib/cmake/Folding
)

2
LICENSE
View File

@@ -1,6 +1,6 @@
MIT License
Copyright (c) 2024 rmontanana
Copyright (c) 2024 Ricardo Montañana Gómez
Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal in the Software without restriction, including without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to the following conditions:

15
Makefile
View File

@@ -2,7 +2,7 @@ SHELL := /bin/bash
.DEFAULT_GOAL := help
.PHONY: help build test clean
f_debug = build_debug
f_debug = build_Debug
test_targets = unit_tests_folding
n_procs = -j 16
@@ -26,16 +26,25 @@ clean: ## Clean the tests info
build: ## Build a debug version of the project
@echo ">>> Building Debug Folding...";
@if [ -d ./$(f_debug) ]; then rm -rf ./$(f_debug); fi
@if [ -d $(f_debug) ]; then rm -rf $(f_debug); fi
@mkdir $(f_debug);
@cmake -S . -B $(f_debug) -D CMAKE_BUILD_TYPE=Debug -D ENABLE_TESTING=ON -D CODE_COVERAGE=ON
conan install . -of $(f_debug) -s build_type=Debug -b missing
cmake -B $(f_debug) -S . -DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug -DCMAKE_TOOLCHAIN_FILE=$(f_debug)/conan_toolchain.cmake -DENABLE_TESTING=ON
cmake --build $(f_debug) -t $(test_targets) $(n_procs)
@echo ">>> Done";
conan-create: ## Create the conan package
@echo ">>> Creating the conan package..."
conan create . --build=missing -tf "" -s:a build_type=Release
conan create . --build=missing -tf "" -s:a build_type=Debug
@echo ">>> Done"
opt = ""
test: ## Run tests (opt="-s") to verbose output the tests
@echo ">>> Running Folding tests...";
@$(MAKE) clean
@cmake --build $(f_debug) -t $(test_targets) $(n_procs)
@cp -r tests/data $(f_debug)/tests/data
@for t in $(test_targets); do \
if [ -f $(f_debug)/tests/$$t ]; then \
cd $(f_debug)/tests ; \

9
README.md
View File

@@ -1,11 +1,12 @@
# Folding
# <img src="logo.png" alt="logo" width="50"/> Folding
![C++](https://img.shields.io/badge/c++-%2300599C.svg?style=flat&logo=c%2B%2B&logoColor=white)
[![License: MIT](https://img.shields.io/badge/License-MIT-blue.svg)](<https://opensource.org/licenses/MIT>)
![Gitea Release](https://img.shields.io/gitea/v/release/rmontanana/folding?gitea_url=https://gitea.rmontanana.es:3000)
![Gitea Last Commit](https://img.shields.io/gitea/last-commit/rmontanana/folding?gitea_url=https://gitea.rmontanana.es:3000&logo=gitea)
![Gitea Release](https://img.shields.io/gitea/v/release/rmontanana/folding?gitea_url=https://gitea.rmontanana.es)
![Gitea Last Commit](https://img.shields.io/gitea/last-commit/rmontanana/folding?gitea_url=https://gitea.rmontanana.es&logo=gitea)
Folding header-only library for BayesNet classifiers & platform
K-Fold and stratified K-Fold header-only library for BayesNet classifiers & platform
### Tests

5
cmake/FoldingConfig.cmake.in Normal file
View File

@@ -0,0 +1,5 @@
@PACKAGE_INIT@
include("${CMAKE_CURRENT_LIST_DIR}/FoldingTargets.cmake")
check_required_components(Folding)

12
cmake/modules/AddGitSubmodule.cmake
View File

@@ -1,12 +0,0 @@
function(add_git_submodule dir)
find_package(Git REQUIRED)
if(NOT EXISTS ${dir}/CMakeLists.txt)
message(STATUS "🚨 Adding git submodule => ${dir}")
execute_process(COMMAND ${GIT_EXECUTABLE}
submodule update --init --recursive -- ${dir}
WORKING_DIRECTORY ${PROJECT_SOURCE_DIR})
endif()
add_subdirectory(${dir})
endfunction(add_git_submodule)

742
cmake/modules/CodeCoverage.cmake
View File

@@ -1,742 +0,0 @@
# Copyright (c) 2012 - 2017, Lars Bilke
# All rights reserved.
#
# Redistribution and use in source and binary forms, with or without modification,
# are permitted provided that the following conditions are met:
#
# 1. Redistributions of source code must retain the above copyright notice, this
# list of conditions and the following disclaimer.
#
# 2. Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
# this list of conditions and the following disclaimer in the documentation
# and/or other materials provided with the distribution.
#
# 3. Neither the name of the copyright holder nor the names of its contributors
# may be used to endorse or promote products derived from this software without
# specific prior written permission.
#
# THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS" AND
# ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED
# WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
# DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT HOLDER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR
# ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES
# (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES;
# LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER CAUSED AND ON
# ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT
# (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS
# SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
#
# CHANGES:
#
# 2012-01-31, Lars Bilke
# - Enable Code Coverage
#
# 2013-09-17, Joakim Söderberg
# - Added support for Clang.
# - Some additional usage instructions.
#
# 2016-02-03, Lars Bilke
# - Refactored functions to use named parameters
#
# 2017-06-02, Lars Bilke
# - Merged with modified version from github.com/ufz/ogs
#
# 2019-05-06, Anatolii Kurotych
# - Remove unnecessary --coverage flag
#
# 2019-12-13, FeRD (Frank Dana)
# - Deprecate COVERAGE_LCOVR_EXCLUDES and COVERAGE_GCOVR_EXCLUDES lists in favor
# of tool-agnostic COVERAGE_EXCLUDES variable, or EXCLUDE setup arguments.
# - CMake 3.4+: All excludes can be specified relative to BASE_DIRECTORY
# - All setup functions: accept BASE_DIRECTORY, EXCLUDE list
# - Set lcov basedir with -b argument
# - Add automatic --demangle-cpp in lcovr, if 'c++filt' is available (can be
# overridden with NO_DEMANGLE option in setup_target_for_coverage_lcovr().)
# - Delete output dir, .info file on 'make clean'
# - Remove Python detection, since version mismatches will break gcovr
# - Minor cleanup (lowercase function names, update examples...)
#
# 2019-12-19, FeRD (Frank Dana)
# - Rename Lcov outputs, make filtered file canonical, fix cleanup for targets
#
# 2020-01-19, Bob Apthorpe
# - Added gfortran support
#
# 2020-02-17, FeRD (Frank Dana)
# - Make all add_custom_target()s VERBATIM to auto-escape wildcard characters
# in EXCLUDEs, and remove manual escaping from gcovr targets
#
# 2021-01-19, Robin Mueller
# - Add CODE_COVERAGE_VERBOSE option which will allow to print out commands which are run
# - Added the option for users to set the GCOVR_ADDITIONAL_ARGS variable to supply additional
# flags to the gcovr command
#
# 2020-05-04, Mihchael Davis
# - Add -fprofile-abs-path to make gcno files contain absolute paths
# - Fix BASE_DIRECTORY not working when defined
# - Change BYPRODUCT from folder to index.html to stop ninja from complaining about double defines
#
# 2021-05-10, Martin Stump
# - Check if the generator is multi-config before warning about non-Debug builds
#
# 2022-02-22, Marko Wehle
# - Change gcovr output from -o <filename> for --xml <filename> and --html <filename> output respectively.
# This will allow for Multiple Output Formats at the same time by making use of GCOVR_ADDITIONAL_ARGS, e.g. GCOVR_ADDITIONAL_ARGS "--txt".
#
# 2022-09-28, Sebastian Mueller
# - fix append_coverage_compiler_flags_to_target to correctly add flags
# - replace "-fprofile-arcs -ftest-coverage" with "--coverage" (equivalent)
#
# USAGE:
#
# 1. Copy this file into your cmake modules path.
#
# 2. Add the following line to your CMakeLists.txt (best inside an if-condition
# using a CMake option() to enable it just optionally):
# include(CodeCoverage)
#
# 3. Append necessary compiler flags for all supported source files:
# append_coverage_compiler_flags()
# Or for specific target:
# append_coverage_compiler_flags_to_target(YOUR_TARGET_NAME)
#
# 3.a (OPTIONAL) Set appropriate optimization flags, e.g. -O0, -O1 or -Og
#
# 4. If you need to exclude additional directories from the report, specify them
# using full paths in the COVERAGE_EXCLUDES variable before calling
# setup_target_for_coverage_*().
# Example:
# set(COVERAGE_EXCLUDES
# '${PROJECT_SOURCE_DIR}/src/dir1/*'
# '/path/to/my/src/dir2/*')
# Or, use the EXCLUDE argument to setup_target_for_coverage_*().
# Example:
# setup_target_for_coverage_lcov(
# NAME coverage
# EXECUTABLE testrunner
# EXCLUDE "${PROJECT_SOURCE_DIR}/src/dir1/*" "/path/to/my/src/dir2/*")
#
# 4.a NOTE: With CMake 3.4+, COVERAGE_EXCLUDES or EXCLUDE can also be set
# relative to the BASE_DIRECTORY (default: PROJECT_SOURCE_DIR)
# Example:
# set(COVERAGE_EXCLUDES "dir1/*")
# setup_target_for_coverage_gcovr_html(
# NAME coverage
# EXECUTABLE testrunner
# BASE_DIRECTORY "${PROJECT_SOURCE_DIR}/src"
# EXCLUDE "dir2/*")
#
# 5. Use the functions described below to create a custom make target which
# runs your test executable and produces a code coverage report.
#
# 6. Build a Debug build:
# cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug ..
# make
# make my_coverage_target
#
include(CMakeParseArguments)
option(CODE_COVERAGE_VERBOSE "Verbose information" FALSE)
# Check prereqs
find_program( GCOV_PATH gcov )
find_program( LCOV_PATH NAMES lcov lcov.bat lcov.exe lcov.perl)
find_program( FASTCOV_PATH NAMES fastcov fastcov.py )
find_program( GENHTML_PATH NAMES genhtml genhtml.perl genhtml.bat )
find_program( GCOVR_PATH gcovr PATHS ${CMAKE_SOURCE_DIR}/scripts/test)
find_program( CPPFILT_PATH NAMES c++filt )
if(NOT GCOV_PATH)
message(FATAL_ERROR "gcov not found! Aborting...")
endif() # NOT GCOV_PATH
# Check supported compiler (Clang, GNU and Flang)
get_property(LANGUAGES GLOBAL PROPERTY ENABLED_LANGUAGES)
foreach(LANG ${LANGUAGES})
if("${CMAKE_${LANG}_COMPILER_ID}" MATCHES "(Apple)?[Cc]lang")
if("${CMAKE_${LANG}_COMPILER_VERSION}" VERSION_LESS 3)
message(FATAL_ERROR "Clang version must be 3.0.0 or greater! Aborting...")
endif()
elseif(NOT "${CMAKE_${LANG}_COMPILER_ID}" MATCHES "GNU"
AND NOT "${CMAKE_${LANG}_COMPILER_ID}" MATCHES "(LLVM)?[Ff]lang")
message(FATAL_ERROR "Compiler is not GNU or Flang! Aborting...")
endif()
endforeach()
set(COVERAGE_COMPILER_FLAGS "-g --coverage"
CACHE INTERNAL "")
if(CMAKE_CXX_COMPILER_ID MATCHES "(GNU|Clang)")
include(CheckCXXCompilerFlag)
check_cxx_compiler_flag(-fprofile-abs-path HAVE_fprofile_abs_path)
if(HAVE_fprofile_abs_path)
set(COVERAGE_COMPILER_FLAGS "${COVERAGE_COMPILER_FLAGS} -fprofile-abs-path")
endif()
endif()
set(CMAKE_Fortran_FLAGS_COVERAGE
${COVERAGE_COMPILER_FLAGS}
CACHE STRING "Flags used by the Fortran compiler during coverage builds."
FORCE )
set(CMAKE_CXX_FLAGS_COVERAGE
${COVERAGE_COMPILER_FLAGS}
CACHE STRING "Flags used by the C++ compiler during coverage builds."
FORCE )
set(CMAKE_C_FLAGS_COVERAGE
${COVERAGE_COMPILER_FLAGS}
CACHE STRING "Flags used by the C compiler during coverage builds."
FORCE )
set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS_COVERAGE
""
CACHE STRING "Flags used for linking binaries during coverage builds."
FORCE )
set(CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS_COVERAGE
""
CACHE STRING "Flags used by the shared libraries linker during coverage builds."
FORCE )
mark_as_advanced(
CMAKE_Fortran_FLAGS_COVERAGE
CMAKE_CXX_FLAGS_COVERAGE
CMAKE_C_FLAGS_COVERAGE
CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS_COVERAGE
CMAKE_SHARED_LINKER_FLAGS_COVERAGE )
get_property(GENERATOR_IS_MULTI_CONFIG GLOBAL PROPERTY GENERATOR_IS_MULTI_CONFIG)
if(NOT (CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "Debug" OR GENERATOR_IS_MULTI_CONFIG))
message(WARNING "Code coverage results with an optimised (non-Debug) build may be misleading")
endif() # NOT (CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "Debug" OR GENERATOR_IS_MULTI_CONFIG)
if(CMAKE_C_COMPILER_ID STREQUAL "GNU" OR CMAKE_Fortran_COMPILER_ID STREQUAL "GNU")
link_libraries(gcov)
endif()
# Defines a target for running and collection code coverage information
# Builds dependencies, runs the given executable and outputs reports.
# NOTE! The executable should always have a ZERO as exit code otherwise
# the coverage generation will not complete.
#
# setup_target_for_coverage_lcov(
# NAME testrunner_coverage # New target name
# EXECUTABLE testrunner -j ${PROCESSOR_COUNT} # Executable in PROJECT_BINARY_DIR
# DEPENDENCIES testrunner # Dependencies to build first
# BASE_DIRECTORY "../" # Base directory for report
# # (defaults to PROJECT_SOURCE_DIR)
# EXCLUDE "src/dir1/*" "src/dir2/*" # Patterns to exclude (can be relative
# # to BASE_DIRECTORY, with CMake 3.4+)
# NO_DEMANGLE # Don't demangle C++ symbols
# # even if c++filt is found
# )
function(setup_target_for_coverage_lcov)
set(options NO_DEMANGLE SONARQUBE)
set(oneValueArgs BASE_DIRECTORY NAME)
set(multiValueArgs EXCLUDE EXECUTABLE EXECUTABLE_ARGS DEPENDENCIES LCOV_ARGS GENHTML_ARGS)
cmake_parse_arguments(Coverage "${options}" "${oneValueArgs}" "${multiValueArgs}" ${ARGN})
if(NOT LCOV_PATH)
message(FATAL_ERROR "lcov not found! Aborting...")
endif() # NOT LCOV_PATH
if(NOT GENHTML_PATH)
message(FATAL_ERROR "genhtml not found! Aborting...")
endif() # NOT GENHTML_PATH
# Set base directory (as absolute path), or default to PROJECT_SOURCE_DIR
if(DEFINED Coverage_BASE_DIRECTORY)
get_filename_component(BASEDIR ${Coverage_BASE_DIRECTORY} ABSOLUTE)
else()
set(BASEDIR ${PROJECT_SOURCE_DIR})
endif()
# Collect excludes (CMake 3.4+: Also compute absolute paths)
set(LCOV_EXCLUDES "")
foreach(EXCLUDE ${Coverage_EXCLUDE} ${COVERAGE_EXCLUDES} ${COVERAGE_LCOV_EXCLUDES})
if(CMAKE_VERSION VERSION_GREATER 3.4)
get_filename_component(EXCLUDE ${EXCLUDE} ABSOLUTE BASE_DIR ${BASEDIR})
endif()
list(APPEND LCOV_EXCLUDES "${EXCLUDE}")
endforeach()
list(REMOVE_DUPLICATES LCOV_EXCLUDES)
# Conditional arguments
if(CPPFILT_PATH AND NOT ${Coverage_NO_DEMANGLE})
set(GENHTML_EXTRA_ARGS "--demangle-cpp")
endif()
# Setting up commands which will be run to generate coverage data.
# Cleanup lcov
set(LCOV_CLEAN_CMD
${LCOV_PATH} ${Coverage_LCOV_ARGS} --gcov-tool ${GCOV_PATH} -directory .
-b ${BASEDIR} --zerocounters
)
# Create baseline to make sure untouched files show up in the report
set(LCOV_BASELINE_CMD
${LCOV_PATH} ${Coverage_LCOV_ARGS} --gcov-tool ${GCOV_PATH} -c -i -d . -b
${BASEDIR} -o ${Coverage_NAME}.base
)
# Run tests
set(LCOV_EXEC_TESTS_CMD
${Coverage_EXECUTABLE} ${Coverage_EXECUTABLE_ARGS}
)
# Capturing lcov counters and generating report
set(LCOV_CAPTURE_CMD
${LCOV_PATH} ${Coverage_LCOV_ARGS} --gcov-tool ${GCOV_PATH} --directory . -b
${BASEDIR} --capture --output-file ${Coverage_NAME}.capture
)
# add baseline counters
set(LCOV_BASELINE_COUNT_CMD
${LCOV_PATH} ${Coverage_LCOV_ARGS} --gcov-tool ${GCOV_PATH} -a ${Coverage_NAME}.base
-a ${Coverage_NAME}.capture --output-file ${Coverage_NAME}.total
)
# filter collected data to final coverage report
set(LCOV_FILTER_CMD
${LCOV_PATH} ${Coverage_LCOV_ARGS} --gcov-tool ${GCOV_PATH} --remove
${Coverage_NAME}.total ${LCOV_EXCLUDES} --output-file ${Coverage_NAME}.info
)
# Generate HTML output
set(LCOV_GEN_HTML_CMD
${GENHTML_PATH} ${GENHTML_EXTRA_ARGS} ${Coverage_GENHTML_ARGS} -o
${Coverage_NAME} ${Coverage_NAME}.info
)
if(${Coverage_SONARQUBE})
# Generate SonarQube output
set(GCOVR_XML_CMD
${GCOVR_PATH} --sonarqube ${Coverage_NAME}_sonarqube.xml -r ${BASEDIR} ${GCOVR_ADDITIONAL_ARGS}
${GCOVR_EXCLUDE_ARGS} --object-directory=${PROJECT_BINARY_DIR}
)
set(GCOVR_XML_CMD_COMMAND
COMMAND ${GCOVR_XML_CMD}
)
set(GCOVR_XML_CMD_BYPRODUCTS ${Coverage_NAME}_sonarqube.xml)
set(GCOVR_XML_CMD_COMMENT COMMENT "SonarQube code coverage info report saved in ${Coverage_NAME}_sonarqube.xml.")
endif()
if(CODE_COVERAGE_VERBOSE)
message(STATUS "Executed command report")
message(STATUS "Command to clean up lcov: ")
string(REPLACE ";" " " LCOV_CLEAN_CMD_SPACED "${LCOV_CLEAN_CMD}")
message(STATUS "${LCOV_CLEAN_CMD_SPACED}")
message(STATUS "Command to create baseline: ")
string(REPLACE ";" " " LCOV_BASELINE_CMD_SPACED "${LCOV_BASELINE_CMD}")
message(STATUS "${LCOV_BASELINE_CMD_SPACED}")
message(STATUS "Command to run the tests: ")
string(REPLACE ";" " " LCOV_EXEC_TESTS_CMD_SPACED "${LCOV_EXEC_TESTS_CMD}")
message(STATUS "${LCOV_EXEC_TESTS_CMD_SPACED}")
message(STATUS "Command to capture counters and generate report: ")
string(REPLACE ";" " " LCOV_CAPTURE_CMD_SPACED "${LCOV_CAPTURE_CMD}")
message(STATUS "${LCOV_CAPTURE_CMD_SPACED}")
message(STATUS "Command to add baseline counters: ")
string(REPLACE ";" " " LCOV_BASELINE_COUNT_CMD_SPACED "${LCOV_BASELINE_COUNT_CMD}")
message(STATUS "${LCOV_BASELINE_COUNT_CMD_SPACED}")
message(STATUS "Command to filter collected data: ")
string(REPLACE ";" " " LCOV_FILTER_CMD_SPACED "${LCOV_FILTER_CMD}")
message(STATUS "${LCOV_FILTER_CMD_SPACED}")
message(STATUS "Command to generate lcov HTML output: ")
string(REPLACE ";" " " LCOV_GEN_HTML_CMD_SPACED "${LCOV_GEN_HTML_CMD}")
message(STATUS "${LCOV_GEN_HTML_CMD_SPACED}")
if(${Coverage_SONARQUBE})
message(STATUS "Command to generate SonarQube XML output: ")
string(REPLACE ";" " " GCOVR_XML_CMD_SPACED "${GCOVR_XML_CMD}")
message(STATUS "${GCOVR_XML_CMD_SPACED}")
endif()
endif()
# Setup target
add_custom_target(${Coverage_NAME}
COMMAND ${LCOV_CLEAN_CMD}
COMMAND ${LCOV_BASELINE_CMD}
COMMAND ${LCOV_EXEC_TESTS_CMD}
COMMAND ${LCOV_CAPTURE_CMD}
COMMAND ${LCOV_BASELINE_COUNT_CMD}
COMMAND ${LCOV_FILTER_CMD}
COMMAND ${LCOV_GEN_HTML_CMD}
${GCOVR_XML_CMD_COMMAND}
# Set output files as GENERATED (will be removed on 'make clean')
BYPRODUCTS
${Coverage_NAME}.base
${Coverage_NAME}.capture
${Coverage_NAME}.total
${Coverage_NAME}.info
${GCOVR_XML_CMD_BYPRODUCTS}
${Coverage_NAME}/index.html
WORKING_DIRECTORY ${PROJECT_BINARY_DIR}
DEPENDS ${Coverage_DEPENDENCIES}
VERBATIM # Protect arguments to commands
COMMENT "Resetting code coverage counters to zero.\nProcessing code coverage counters and generating report."
)
# Show where to find the lcov info report
add_custom_command(TARGET ${Coverage_NAME} POST_BUILD
COMMAND ;
COMMENT "Lcov code coverage info report saved in ${Coverage_NAME}.info."
${GCOVR_XML_CMD_COMMENT}
)
# Show info where to find the report
add_custom_command(TARGET ${Coverage_NAME} POST_BUILD
COMMAND ;
COMMENT "Open ./${Coverage_NAME}/index.html in your browser to view the coverage report."
)
endfunction() # setup_target_for_coverage_lcov
# Defines a target for running and collection code coverage information
# Builds dependencies, runs the given executable and outputs reports.
# NOTE! The executable should always have a ZERO as exit code otherwise
# the coverage generation will not complete.
#
# setup_target_for_coverage_gcovr_xml(
# NAME ctest_coverage # New target name
# EXECUTABLE ctest -j ${PROCESSOR_COUNT} # Executable in PROJECT_BINARY_DIR
# DEPENDENCIES executable_target # Dependencies to build first
# BASE_DIRECTORY "../" # Base directory for report
# # (defaults to PROJECT_SOURCE_DIR)
# EXCLUDE "src/dir1/*" "src/dir2/*" # Patterns to exclude (can be relative
# # to BASE_DIRECTORY, with CMake 3.4+)
# )
# The user can set the variable GCOVR_ADDITIONAL_ARGS to supply additional flags to the
# GCVOR command.
function(setup_target_for_coverage_gcovr_xml)
set(options NONE)
set(oneValueArgs BASE_DIRECTORY NAME)
set(multiValueArgs EXCLUDE EXECUTABLE EXECUTABLE_ARGS DEPENDENCIES)
cmake_parse_arguments(Coverage "${options}" "${oneValueArgs}" "${multiValueArgs}" ${ARGN})
if(NOT GCOVR_PATH)
message(FATAL_ERROR "gcovr not found! Aborting...")
endif() # NOT GCOVR_PATH
# Set base directory (as absolute path), or default to PROJECT_SOURCE_DIR
if(DEFINED Coverage_BASE_DIRECTORY)
get_filename_component(BASEDIR ${Coverage_BASE_DIRECTORY} ABSOLUTE)
else()
set(BASEDIR ${PROJECT_SOURCE_DIR})
endif()
# Collect excludes (CMake 3.4+: Also compute absolute paths)
set(GCOVR_EXCLUDES "")
foreach(EXCLUDE ${Coverage_EXCLUDE} ${COVERAGE_EXCLUDES} ${COVERAGE_GCOVR_EXCLUDES})
if(CMAKE_VERSION VERSION_GREATER 3.4)
get_filename_component(EXCLUDE ${EXCLUDE} ABSOLUTE BASE_DIR ${BASEDIR})
endif()
list(APPEND GCOVR_EXCLUDES "${EXCLUDE}")
endforeach()
list(REMOVE_DUPLICATES GCOVR_EXCLUDES)
# Combine excludes to several -e arguments
set(GCOVR_EXCLUDE_ARGS "")
foreach(EXCLUDE ${GCOVR_EXCLUDES})
list(APPEND GCOVR_EXCLUDE_ARGS "-e")
list(APPEND GCOVR_EXCLUDE_ARGS "${EXCLUDE}")
endforeach()
# Set up commands which will be run to generate coverage data
# Run tests
set(GCOVR_XML_EXEC_TESTS_CMD
${Coverage_EXECUTABLE} ${Coverage_EXECUTABLE_ARGS}
)
# Running gcovr
set(GCOVR_XML_CMD
${GCOVR_PATH} --xml ${Coverage_NAME}.xml -r ${BASEDIR} ${GCOVR_ADDITIONAL_ARGS}
${GCOVR_EXCLUDE_ARGS} --object-directory=${PROJECT_BINARY_DIR}
)
if(CODE_COVERAGE_VERBOSE)
message(STATUS "Executed command report")
message(STATUS "Command to run tests: ")
string(REPLACE ";" " " GCOVR_XML_EXEC_TESTS_CMD_SPACED "${GCOVR_XML_EXEC_TESTS_CMD}")
message(STATUS "${GCOVR_XML_EXEC_TESTS_CMD_SPACED}")
message(STATUS "Command to generate gcovr XML coverage data: ")
string(REPLACE ";" " " GCOVR_XML_CMD_SPACED "${GCOVR_XML_CMD}")
message(STATUS "${GCOVR_XML_CMD_SPACED}")
endif()
add_custom_target(${Coverage_NAME}
COMMAND ${GCOVR_XML_EXEC_TESTS_CMD}
COMMAND ${GCOVR_XML_CMD}
BYPRODUCTS ${Coverage_NAME}.xml
WORKING_DIRECTORY ${PROJECT_BINARY_DIR}
DEPENDS ${Coverage_DEPENDENCIES}
VERBATIM # Protect arguments to commands
COMMENT "Running gcovr to produce Cobertura code coverage report."
)
# Show info where to find the report
add_custom_command(TARGET ${Coverage_NAME} POST_BUILD
COMMAND ;
COMMENT "Cobertura code coverage report saved in ${Coverage_NAME}.xml."
)
endfunction() # setup_target_for_coverage_gcovr_xml
# Defines a target for running and collection code coverage information
# Builds dependencies, runs the given executable and outputs reports.
# NOTE! The executable should always have a ZERO as exit code otherwise
# the coverage generation will not complete.
#
# setup_target_for_coverage_gcovr_html(
# NAME ctest_coverage # New target name
# EXECUTABLE ctest -j ${PROCESSOR_COUNT} # Executable in PROJECT_BINARY_DIR
# DEPENDENCIES executable_target # Dependencies to build first
# BASE_DIRECTORY "../" # Base directory for report
# # (defaults to PROJECT_SOURCE_DIR)
# EXCLUDE "src/dir1/*" "src/dir2/*" # Patterns to exclude (can be relative
# # to BASE_DIRECTORY, with CMake 3.4+)
# )
# The user can set the variable GCOVR_ADDITIONAL_ARGS to supply additional flags to the
# GCVOR command.
function(setup_target_for_coverage_gcovr_html)
set(options NONE)
set(oneValueArgs BASE_DIRECTORY NAME)
set(multiValueArgs EXCLUDE EXECUTABLE EXECUTABLE_ARGS DEPENDENCIES)
cmake_parse_arguments(Coverage "${options}" "${oneValueArgs}" "${multiValueArgs}" ${ARGN})
if(NOT GCOVR_PATH)
message(FATAL_ERROR "gcovr not found! Aborting...")
endif() # NOT GCOVR_PATH
# Set base directory (as absolute path), or default to PROJECT_SOURCE_DIR
if(DEFINED Coverage_BASE_DIRECTORY)
get_filename_component(BASEDIR ${Coverage_BASE_DIRECTORY} ABSOLUTE)
else()
set(BASEDIR ${PROJECT_SOURCE_DIR})
endif()
# Collect excludes (CMake 3.4+: Also compute absolute paths)
set(GCOVR_EXCLUDES "")
foreach(EXCLUDE ${Coverage_EXCLUDE} ${COVERAGE_EXCLUDES} ${COVERAGE_GCOVR_EXCLUDES})
if(CMAKE_VERSION VERSION_GREATER 3.4)
get_filename_component(EXCLUDE ${EXCLUDE} ABSOLUTE BASE_DIR ${BASEDIR})
endif()
list(APPEND GCOVR_EXCLUDES "${EXCLUDE}")
endforeach()
list(REMOVE_DUPLICATES GCOVR_EXCLUDES)
# Combine excludes to several -e arguments
set(GCOVR_EXCLUDE_ARGS "")
foreach(EXCLUDE ${GCOVR_EXCLUDES})
list(APPEND GCOVR_EXCLUDE_ARGS "-e")
list(APPEND GCOVR_EXCLUDE_ARGS "${EXCLUDE}")
endforeach()
# Set up commands which will be run to generate coverage data
# Run tests
set(GCOVR_HTML_EXEC_TESTS_CMD
${Coverage_EXECUTABLE} ${Coverage_EXECUTABLE_ARGS}
)
# Create folder
set(GCOVR_HTML_FOLDER_CMD
${CMAKE_COMMAND} -E make_directory ${PROJECT_BINARY_DIR}/${Coverage_NAME}
)
# Running gcovr
set(GCOVR_HTML_CMD
${GCOVR_PATH} --html ${Coverage_NAME}/index.html --html-details -r ${BASEDIR} ${GCOVR_ADDITIONAL_ARGS}
${GCOVR_EXCLUDE_ARGS} --object-directory=${PROJECT_BINARY_DIR}
)
if(CODE_COVERAGE_VERBOSE)
message(STATUS "Executed command report")
message(STATUS "Command to run tests: ")
string(REPLACE ";" " " GCOVR_HTML_EXEC_TESTS_CMD_SPACED "${GCOVR_HTML_EXEC_TESTS_CMD}")
message(STATUS "${GCOVR_HTML_EXEC_TESTS_CMD_SPACED}")
message(STATUS "Command to create a folder: ")
string(REPLACE ";" " " GCOVR_HTML_FOLDER_CMD_SPACED "${GCOVR_HTML_FOLDER_CMD}")
message(STATUS "${GCOVR_HTML_FOLDER_CMD_SPACED}")
message(STATUS "Command to generate gcovr HTML coverage data: ")
string(REPLACE ";" " " GCOVR_HTML_CMD_SPACED "${GCOVR_HTML_CMD}")
message(STATUS "${GCOVR_HTML_CMD_SPACED}")
endif()
add_custom_target(${Coverage_NAME}
COMMAND ${GCOVR_HTML_EXEC_TESTS_CMD}
COMMAND ${GCOVR_HTML_FOLDER_CMD}
COMMAND ${GCOVR_HTML_CMD}
BYPRODUCTS ${PROJECT_BINARY_DIR}/${Coverage_NAME}/index.html # report directory
WORKING_DIRECTORY ${PROJECT_BINARY_DIR}
DEPENDS ${Coverage_DEPENDENCIES}
VERBATIM # Protect arguments to commands
COMMENT "Running gcovr to produce HTML code coverage report."
)
# Show info where to find the report
add_custom_command(TARGET ${Coverage_NAME} POST_BUILD
COMMAND ;
COMMENT "Open ./${Coverage_NAME}/index.html in your browser to view the coverage report."
)
endfunction() # setup_target_for_coverage_gcovr_html
# Defines a target for running and collection code coverage information
# Builds dependencies, runs the given executable and outputs reports.
# NOTE! The executable should always have a ZERO as exit code otherwise
# the coverage generation will not complete.
#
# setup_target_for_coverage_fastcov(
# NAME testrunner_coverage # New target name
# EXECUTABLE testrunner -j ${PROCESSOR_COUNT} # Executable in PROJECT_BINARY_DIR
# DEPENDENCIES testrunner # Dependencies to build first
# BASE_DIRECTORY "../" # Base directory for report
# # (defaults to PROJECT_SOURCE_DIR)
# EXCLUDE "src/dir1/" "src/dir2/" # Patterns to exclude.
# NO_DEMANGLE # Don't demangle C++ symbols
# # even if c++filt is found
# SKIP_HTML # Don't create html report
# POST_CMD perl -i -pe s!${PROJECT_SOURCE_DIR}/!!g ctest_coverage.json # E.g. for stripping source dir from file paths
# )
function(setup_target_for_coverage_fastcov)
set(options NO_DEMANGLE SKIP_HTML)
set(oneValueArgs BASE_DIRECTORY NAME)
set(multiValueArgs EXCLUDE EXECUTABLE EXECUTABLE_ARGS DEPENDENCIES FASTCOV_ARGS GENHTML_ARGS POST_CMD)
cmake_parse_arguments(Coverage "${options}" "${oneValueArgs}" "${multiValueArgs}" ${ARGN})
if(NOT FASTCOV_PATH)
message(FATAL_ERROR "fastcov not found! Aborting...")
endif()
if(NOT Coverage_SKIP_HTML AND NOT GENHTML_PATH)
message(FATAL_ERROR "genhtml not found! Aborting...")
endif()
# Set base directory (as absolute path), or default to PROJECT_SOURCE_DIR
if(Coverage_BASE_DIRECTORY)
get_filename_component(BASEDIR ${Coverage_BASE_DIRECTORY} ABSOLUTE)
else()
set(BASEDIR ${PROJECT_SOURCE_DIR})
endif()
# Collect excludes (Patterns, not paths, for fastcov)
set(FASTCOV_EXCLUDES "")
foreach(EXCLUDE ${Coverage_EXCLUDE} ${COVERAGE_EXCLUDES} ${COVERAGE_FASTCOV_EXCLUDES})
list(APPEND FASTCOV_EXCLUDES "${EXCLUDE}")
endforeach()
list(REMOVE_DUPLICATES FASTCOV_EXCLUDES)
# Conditional arguments
if(CPPFILT_PATH AND NOT ${Coverage_NO_DEMANGLE})
set(GENHTML_EXTRA_ARGS "--demangle-cpp")
endif()
# Set up commands which will be run to generate coverage data
set(FASTCOV_EXEC_TESTS_CMD ${Coverage_EXECUTABLE} ${Coverage_EXECUTABLE_ARGS})
set(FASTCOV_CAPTURE_CMD ${FASTCOV_PATH} ${Coverage_FASTCOV_ARGS} --gcov ${GCOV_PATH}
--search-directory ${BASEDIR}
--process-gcno
--output ${Coverage_NAME}.json
--exclude ${FASTCOV_EXCLUDES}
)
set(FASTCOV_CONVERT_CMD ${FASTCOV_PATH}
-C ${Coverage_NAME}.json --lcov --output ${Coverage_NAME}.info
)
if(Coverage_SKIP_HTML)
set(FASTCOV_HTML_CMD ";")
else()
set(FASTCOV_HTML_CMD ${GENHTML_PATH} ${GENHTML_EXTRA_ARGS} ${Coverage_GENHTML_ARGS}
-o ${Coverage_NAME} ${Coverage_NAME}.info
)
endif()
set(FASTCOV_POST_CMD ";")
if(Coverage_POST_CMD)
set(FASTCOV_POST_CMD ${Coverage_POST_CMD})
endif()
if(CODE_COVERAGE_VERBOSE)
message(STATUS "Code coverage commands for target ${Coverage_NAME} (fastcov):")
message(" Running tests:")
string(REPLACE ";" " " FASTCOV_EXEC_TESTS_CMD_SPACED "${FASTCOV_EXEC_TESTS_CMD}")
message(" ${FASTCOV_EXEC_TESTS_CMD_SPACED}")
message(" Capturing fastcov counters and generating report:")
string(REPLACE ";" " " FASTCOV_CAPTURE_CMD_SPACED "${FASTCOV_CAPTURE_CMD}")
message(" ${FASTCOV_CAPTURE_CMD_SPACED}")
message(" Converting fastcov .json to lcov .info:")
string(REPLACE ";" " " FASTCOV_CONVERT_CMD_SPACED "${FASTCOV_CONVERT_CMD}")
message(" ${FASTCOV_CONVERT_CMD_SPACED}")
if(NOT Coverage_SKIP_HTML)
message(" Generating HTML report: ")
string(REPLACE ";" " " FASTCOV_HTML_CMD_SPACED "${FASTCOV_HTML_CMD}")
message(" ${FASTCOV_HTML_CMD_SPACED}")
endif()
if(Coverage_POST_CMD)
message(" Running post command: ")
string(REPLACE ";" " " FASTCOV_POST_CMD_SPACED "${FASTCOV_POST_CMD}")
message(" ${FASTCOV_POST_CMD_SPACED}")
endif()
endif()
# Setup target
add_custom_target(${Coverage_NAME}
# Cleanup fastcov
COMMAND ${FASTCOV_PATH} ${Coverage_FASTCOV_ARGS} --gcov ${GCOV_PATH}
--search-directory ${BASEDIR}
--zerocounters
COMMAND ${FASTCOV_EXEC_TESTS_CMD}
COMMAND ${FASTCOV_CAPTURE_CMD}
COMMAND ${FASTCOV_CONVERT_CMD}
COMMAND ${FASTCOV_HTML_CMD}
COMMAND ${FASTCOV_POST_CMD}
# Set output files as GENERATED (will be removed on 'make clean')
BYPRODUCTS
${Coverage_NAME}.info
${Coverage_NAME}.json
${Coverage_NAME}/index.html # report directory
WORKING_DIRECTORY ${PROJECT_BINARY_DIR}
DEPENDS ${Coverage_DEPENDENCIES}
VERBATIM # Protect arguments to commands
COMMENT "Resetting code coverage counters to zero. Processing code coverage counters and generating report."
)
set(INFO_MSG "fastcov code coverage info report saved in ${Coverage_NAME}.info and ${Coverage_NAME}.json.")
if(NOT Coverage_SKIP_HTML)
string(APPEND INFO_MSG " Open ${PROJECT_BINARY_DIR}/${Coverage_NAME}/index.html in your browser to view the coverage report.")
endif()
# Show where to find the fastcov info report
add_custom_command(TARGET ${Coverage_NAME} POST_BUILD
COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E echo ${INFO_MSG}
)
endfunction() # setup_target_for_coverage_fastcov
function(append_coverage_compiler_flags)
set(CMAKE_C_FLAGS "${CMAKE_C_FLAGS} ${COVERAGE_COMPILER_FLAGS}" PARENT_SCOPE)
set(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} ${COVERAGE_COMPILER_FLAGS}" PARENT_SCOPE)
set(CMAKE_Fortran_FLAGS "${CMAKE_Fortran_FLAGS} ${COVERAGE_COMPILER_FLAGS}" PARENT_SCOPE)
message(STATUS "Appending code coverage compiler flags: ${COVERAGE_COMPILER_FLAGS}")
endfunction() # append_coverage_compiler_flags
# Setup coverage for specific library
function(append_coverage_compiler_flags_to_target name)
separate_arguments(_flag_list NATIVE_COMMAND "${COVERAGE_COMPILER_FLAGS}")
target_compile_options(${name} PRIVATE ${_flag_list})
if(CMAKE_C_COMPILER_ID STREQUAL "GNU" OR CMAKE_Fortran_COMPILER_ID STREQUAL "GNU")
target_link_libraries(${name} PRIVATE gcov)
endif()
endfunction()

22
cmake/modules/StaticAnalyzers.cmake
View File

@@ -1,22 +0,0 @@
if(ENABLE_CLANG_TIDY)
find_program(CLANG_TIDY_COMMAND NAMES clang-tidy)
if(NOT CLANG_TIDY_COMMAND)
message(WARNING "🔴 CMake_RUN_CLANG_TIDY is ON but clang-tidy is not found!")
set(CMAKE_CXX_CLANG_TIDY "" CACHE STRING "" FORCE)
else()
message(STATUS "🟢 CMake_RUN_CLANG_TIDY is ON")
set(CLANGTIDY_EXTRA_ARGS
"-extra-arg=-Wno-unknown-warning-option"
)
set(CMAKE_CXX_CLANG_TIDY "${CLANG_TIDY_COMMAND};-p=${CMAKE_BINARY_DIR};${CLANGTIDY_EXTRA_ARGS}" CACHE STRING "" FORCE)
add_custom_target(clang-tidy
COMMAND ${CMAKE_COMMAND} --build ${CMAKE_BINARY_DIR} --target ${CMAKE_PROJECT_NAME}
COMMAND ${CMAKE_COMMAND} --build ${CMAKE_BINARY_DIR} --target clang-tidy
COMMENT "Running clang-tidy..."
)
set(CMAKE_EXPORT_COMPILE_COMMANDS ON)
endif()
endif(ENABLE_CLANG_TIDY)

120
conanfile.py Normal file
View File

@@ -0,0 +1,120 @@
import re
from conan import ConanFile
from conan.tools.files import copy
from conan.tools.cmake import CMakeToolchain, CMakeDeps
class FoldingConan(ConanFile):
name = "folding"
version = "X.X.X"
description = "K-Fold and stratified K-Fold header-only library"
url = "https://github.com/rmontanana/folding"
license = "MIT"
homepage = "https://github.com/rmontanana/folding"
topics = ("kfold", "stratified folding", "mdlp")
no_copy_source = True
exports_sources = (
"folding.hpp",
"LICENSE",
"README.md",
"CMakeLists.txt",
"config/*",
"cmake/*",
)
package_type = "header-library"
settings = "build_type", "compiler", "arch", "os"
def init(self):
# Read the CMakeLists.txt file to get the version
with open("CMakeLists.txt", "r") as f:
lines = f.readlines()
for line in lines:
if "VERSION" in line:
# Extract the version number using regex
match = re.search(r"VERSION\s+(\d+\.\d+\.\d+)", line)
if match:
self.version = match.group(1)
def requirements(self):
self.requires("libtorch/2.7.1")
def build_requirements(self):
self.tool_requires("cmake/[>=3.15]")
# Test dependencies
self.test_requires("catch2/3.8.1")
self.test_requires("arff-files/1.2.1")
self.test_requires("fimdlp/2.1.1")
def layout(self):
# Only use cmake_layout for conan packaging, not for development builds
# This can be detected by checking if we're in a conan cache folder
if (
hasattr(self, "folders")
and hasattr(self.folders, "base_build")
and self.folders.base_build
and ".conan2" in self.folders.base_build
):
from conan.tools.cmake import cmake_layout
cmake_layout(self)
def generate(self):
# Generate CMake toolchain file
tc = CMakeToolchain(self)
tc.generate()
# Generate CMake dependencies file (needed for test requirements like catch2)
deps = CMakeDeps(self)
deps.generate()
def build(self):
# Use CMake to generate the config file through existing config system
from conan.tools.cmake import CMake
cmake = CMake(self)
# Configure with minimal options - just enough to generate the config file
cmake.configure(
build_script_folder=None,
cli_args=["-DENABLE_TESTING=OFF"],
)
# No need to build anything, just configure to generate the config file
def package(self):
# Copy header file
copy(
self,
"folding.hpp",
src=self.source_folder,
dst=self.package_folder,
keep_path=False,
)
# Copy the generated config file from CMake build folder
copy(
self,
"folding_config.h",
src=f"{self.build_folder}/configured_files/include",
dst=self.package_folder,
keep_path=False,
)
# Copy license and readme for package documentation
copy(
self,
"LICENSE",
src=self.source_folder,
dst=self.package_folder,
keep_path=False,
)
copy(
self,
"README.md",
src=self.source_folder,
dst=self.package_folder,
keep_path=False,
)
def package_info(self):
# Header-only library configuration
self.cpp_info.bindirs = []
self.cpp_info.libdirs = []
# Set include directory (header will be in package root)
self.cpp_info.includedirs = ["."]

10
config/config.h.in
View File

@@ -1,14 +1,12 @@
#pragma once
#include <string>
#include <string_view>
#define FOLDING_VERSION_MAJOR @PROJECT_VERSION_MAJOR@
#define FOLDING_VERSION_MINOR @PROJECT_VERSION_MINOR@
#define FOLDING_VERSION_PATCH @PROJECT_VERSION_PATCH@
#define PROJECT_VERSION_MAJOR @PROJECT_VERSION_MAJOR @
#define PROJECT_VERSION_MINOR @PROJECT_VERSION_MINOR @
#define PROJECT_VERSION_PATCH @PROJECT_VERSION_PATCH @
#define FOLDING_VERSION "@PROJECT_VERSION@"
static constexpr std::string_view folding_project_name = "@PROJECT_NAME@";
static constexpr std::string_view folding_project_version = "@PROJECT_VERSION@";
static constexpr std::string_view folding_project_description = "@PROJECT_DESCRIPTION@";
static constexpr std::string_view folding_data_path = "@Folding_SOURCE_DIR@/tests/data/";
static constexpr std::string_view folding_csv_path = "@Folding_SOURCE_DIR@/tests/csv/";

121
folding.hpp
View File

@@ -1,17 +1,18 @@
// ***************************************************************
// SPDX-FileCopyrightText: Copyright 2024 Ricardo Montañana Gómez
// SPDX-FileType: SOURCE
// SPDX-License-Identifier: MIT
// ***************************************************************
#pragma once
#include <torch/torch.h>
#include <algorithm>
#include <map>
#include <random>
#include <vector>
#include <folding_config.h>
namespace folding {
const std::string FOLDING_VERSION = "1.0.1";
class Fold {
protected:
int k;
int n;
int seed;
std::mt19937 random_seed;
public:
inline Fold(int k, int n, int seed = -1) : k(k), n(n), seed(seed)
{
@@ -23,10 +24,13 @@ namespace folding {
virtual ~Fold() = default;
std::string version() { return FOLDING_VERSION; }
int getNumberOfFolds() { return k; }
protected:
int k;
int n;
int seed;
std::mt19937 random_seed;
};
class KFold : public Fold {
private:
std::vector<int> indices;
public:
inline KFold(int k, int n, int seed = -1) : Fold(k, n, seed), indices(std::vector<int>(n))
{
@@ -50,68 +54,23 @@ namespace folding {
}
return { train, test };
}
private:
std::vector<int> indices;
};
class StratifiedKFold : public Fold {
private:
std::vector<int> y;
std::vector<std::vector<int>> stratified_indices;
void build()
{
stratified_indices = std::vector<std::vector<int>>(k);
int fold_size = n / k;
// Compute class counts and indices
auto class_indices = std::map<int, std::vector<int>>();
std::vector<int> class_counts(*max_element(y.begin(), y.end()) + 1, 0);
for (auto i = 0; i < n; ++i) {
class_counts[y[i]]++;
class_indices[y[i]].push_back(i);
}
// Shuffle class indices
for (auto& [cls, indices] : class_indices) {
shuffle(indices.begin(), indices.end(), random_seed);
}
// Assign indices to folds
for (auto label = 0; label < class_counts.size(); ++label) {
auto num_samples_to_take = class_counts.at(label) / k;
if (num_samples_to_take == 0) {
std::cerr << "Warning! The number of samples in class " << label << " (" << class_counts.at(label)
<< ") is less than the number of folds (" << k << ")." << std::endl;
faulty = true;
continue;
}
auto remainder_samples_to_take = class_counts[label] % k;
for (auto fold = 0; fold < k; ++fold) {
auto it = next(class_indices[label].begin(), num_samples_to_take);
move(class_indices[label].begin(), it, back_inserter(stratified_indices[fold])); // ##
class_indices[label].erase(class_indices[label].begin(), it);
}
auto chosen = std::vector<bool>(k, false);
while (remainder_samples_to_take > 0) {
int fold = (rand() % static_cast<int>(k));
if (chosen.at(fold)) {
continue;
}
chosen[fold] = true;
auto it = next(class_indices[label].begin(), 1);
stratified_indices[fold].push_back(*class_indices[label].begin());
class_indices[label].erase(class_indices[label].begin(), it);
remainder_samples_to_take--;
}
}
}
bool faulty = false; // Only true if the number of samples of any class is less than the number of folds.
public:
inline StratifiedKFold(int k, const std::vector<int>& y, int seed = -1) : Fold(k, y.size(), seed)
inline StratifiedKFold(int k, const std::vector<int>& y, int seed = -1, bool quiet = true) : Fold(k, y.size(), seed)
{
this->y = y;
n = y.size();
this->quiet = quiet;
build();
}
inline StratifiedKFold(int k, torch::Tensor& y, int seed = -1) : Fold(k, y.numel(), seed)
inline StratifiedKFold(int k, torch::Tensor& y, int seed = -1, bool quiet = true) : Fold(k, y.numel(), seed)
{
n = y.numel();
this->y = std::vector<int>(y.data_ptr<int>(), y.data_ptr<int>() + n);
this->quiet = quiet;
build();
}
@@ -129,5 +88,49 @@ namespace folding {
return { train_indices, test_indices };
}
inline bool isFaulty() { return faulty; }
private:
std::vector<int> y;
std::vector<std::vector<int>> stratified_indices;
bool faulty = false; // Only true if the number of samples of any class is less than the number of folds.
bool quiet = true; // Enable or disable warning messages
void build()
{
stratified_indices = std::vector<std::vector<int>>(k);
// Compute class counts and indices
auto class_indices = std::map<int, std::vector<int>>();
for (auto i = 0; i < n; ++i) {
class_indices[y[i]].push_back(i);
}
// Assign indices to folds
for (auto& [label, indices] : class_indices) {
shuffle(indices.begin(), indices.end(), random_seed);
int num_samples = indices.size();
int num_samples_to_take = num_samples / k;
int remainder_samples_to_take = num_samples % k;
if (num_samples_to_take == 0) {
if (!quiet)
std::cerr << "Warning! The number of samples in class " << label << " (" << num_samples
<< ") is less than the number of folds (" << k << ")." << std::endl;
faulty = true;
}
int start = 0;
if (num_samples_to_take > 0) {
for (auto fold = 0; fold < k; ++fold) {
auto it = next(class_indices[label].begin() + start, num_samples_to_take);
move(indices.begin() + start, it, back_inserter(stratified_indices[fold]));
start += num_samples_to_take;
}
}
if (remainder_samples_to_take > 0) {
auto chosen = std::vector<int>(k);
std::iota(chosen.begin(), chosen.end(), 0);
std::shuffle(chosen.begin(), chosen.end(), random_seed);
chosen.resize(remainder_samples_to_take);
for (auto fold : chosen) {
stratified_indices[fold].push_back(indices.at(start++));
}
}
}
}
};
}

4
gcovr.cfg
View File

@@ -1,4 +0,0 @@
filter = src/
exclude-directories = build_debug/lib/
print-summary = yes
sort-percentage = yes

168
lib/Files/ArffFiles.cc
View File

@@ -1,168 +0,0 @@
#include "ArffFiles.h"
#include <fstream>
#include <sstream>
#include <map>
#include <iostream>
ArffFiles::ArffFiles() = default;
std::vector<std::string> ArffFiles::getLines() const
{
return lines;
}
unsigned long int ArffFiles::getSize() const
{
return lines.size();
}
std::vector<std::pair<std::string, std::string>> ArffFiles::getAttributes() const
{
return attributes;
}
std::string ArffFiles::getClassName() const
{
return className;
}
std::string ArffFiles::getClassType() const
{
return classType;
}
std::vector<std::vector<float>>& ArffFiles::getX()
{
return X;
}
std::vector<int>& ArffFiles::getY()
{
return y;
}
void ArffFiles::loadCommon(std::string fileName)
{
std::ifstream file(fileName);
if (!file.is_open()) {
throw std::invalid_argument("Unable to open file");
}
std::string line;
std::string keyword;
std::string attribute;
std::string type;
std::string type_w;
while (getline(file, line)) {
if (line.empty() || line[0] == '%' || line == "\r" || line == " ") {
continue;
}
if (line.find("@attribute") != std::string::npos || line.find("@ATTRIBUTE") != std::string::npos) {
std::stringstream ss(line);
ss >> keyword >> attribute;
type = "";
while (ss >> type_w)
type += type_w + " ";
attributes.emplace_back(trim(attribute), trim(type));
continue;
}
if (line[0] == '@') {
continue;
}
lines.push_back(line);
}
file.close();
if (attributes.empty())
throw std::invalid_argument("No attributes found");
}
void ArffFiles::load(const std::string& fileName, bool classLast)
{
int labelIndex;
loadCommon(fileName);
if (classLast) {
className = std::get<0>(attributes.back());
classType = std::get<1>(attributes.back());
attributes.pop_back();
labelIndex = static_cast<int>(attributes.size());
} else {
className = std::get<0>(attributes.front());
classType = std::get<1>(attributes.front());
attributes.erase(attributes.begin());
labelIndex = 0;
}
generateDataset(labelIndex);
}
void ArffFiles::load(const std::string& fileName, const std::string& name)
{
int labelIndex;
loadCommon(fileName);
bool found = false;
for (int i = 0; i < attributes.size(); ++i) {
if (attributes[i].first == name) {
className = std::get<0>(attributes[i]);
classType = std::get<1>(attributes[i]);
attributes.erase(attributes.begin() + i);
labelIndex = i;
found = true;
break;
}
}
if (!found) {
throw std::invalid_argument("Class name not found");
}
generateDataset(labelIndex);
}
void ArffFiles::generateDataset(int labelIndex)
{
X = std::vector<std::vector<float>>(attributes.size(), std::vector<float>(lines.size()));
auto yy = std::vector<std::string>(lines.size(), "");
auto removeLines = std::vector<int>(); // Lines with missing values
for (size_t i = 0; i < lines.size(); i++) {
std::stringstream ss(lines[i]);
std::string value;
int pos = 0;
int xIndex = 0;
while (getline(ss, value, ',')) {
if (pos++ == labelIndex) {
yy[i] = value;
} else {
if (value == "?") {
X[xIndex++][i] = -1;
removeLines.push_back(i);
} else
X[xIndex++][i] = stof(value);
}
}
}
for (auto i : removeLines) {
yy.erase(yy.begin() + i);
for (auto& x : X) {
x.erase(x.begin() + i);
}
}
y = factorize(yy);
}
std::string ArffFiles::trim(const std::string& source)
{
std::string s(source);
s.erase(0, s.find_first_not_of(" '\n\r\t"));
s.erase(s.find_last_not_of(" '\n\r\t") + 1);
return s;
}
std::vector<int> ArffFiles::factorize(const std::vector<std::string>& labels_t)
{
std::vector<int> yy;
yy.reserve(labels_t.size());
std::map<std::string, int> labelMap;
int i = 0;
for (const std::string& label : labels_t) {
if (labelMap.find(label) == labelMap.end()) {
labelMap[label] = i++;
}
yy.push_back(labelMap[label]);
}
return yy;
}

32
lib/Files/ArffFiles.h
View File

@@ -1,32 +0,0 @@
#ifndef ARFFFILES_H
#define ARFFFILES_H
#include <string>
#include <vector>
class ArffFiles {
private:
std::vector<std::string> lines;
std::vector<std::pair<std::string, std::string>> attributes;
std::string className;
std::string classType;
std::vector<std::vector<float>> X;
std::vector<int> y;
void generateDataset(int);
void loadCommon(std::string);
public:
ArffFiles();
void load(const std::string&, bool = true);
void load(const std::string&, const std::string&);
std::vector<std::string> getLines() const;
unsigned long int getSize() const;
std::string getClassName() const;
std::string getClassType() const;
static std::string trim(const std::string&);
std::vector<std::vector<float>>& getX();
std::vector<int>& getY();
std::vector<std::pair<std::string, std::string>> getAttributes() const;
static std::vector<int> factorize(const std::vector<std::string>& labels_t);
};
#endif

1
lib/Files/CMakeLists.txt
View File

@@ -1 +0,0 @@
add_library(ArffFiles ArffFiles.cc)

1
lib/catch2

Submodule lib/catch2 deleted from 863c662c0e

1
lib/mdlp

Submodule lib/mdlp deleted from 5708dc3de9

BIN
logo.png Normal file
View File

Binary file not shown.
Side by Side

After

Width:  |  Height:  |  Size: 1016 KiB

27
tests/CMakeLists.txt
View File

@@ -1,12 +1,17 @@
if(ENABLE_TESTING)
include_directories(
${Folding_SOURCE_DIR}
${Folding_SOURCE_DIR}/lib/Files
${Folding_SOURCE_DIR}/lib/mdlp
set(TEST_FOLDING "unit_tests_folding")
add_executable(${TEST_FOLDING} TestFolding.cc TestUtils.cc)
target_include_directories(${TEST_FOLDING} PRIVATE
${CMAKE_BINARY_DIR}/configured_files/include
)
set(TEST_FOLDING "unit_tests_folding")
add_executable(${TEST_FOLDING} TestFolding.cc TestUtils.cc)
target_link_libraries(${TEST_FOLDING} PUBLIC "${TORCH_LIBRARIES}" ArffFiles mdlp Catch2::Catch2WithMain)
add_test(NAME ${TEST_FOLDING} COMMAND ${TEST_FOLDING})
endif(ENABLE_TESTING)
${Folding_SOURCE_DIR}
${catch2_INCLUDE_DIRS_RELEASE}
${libtorch_INCLUDE_DIRS_RELEASE}
${arff-files_INCLUDE_DIRS_RELEASE}
${fimdlp_INCLUDE_DIRS_RELEASE}
)
target_link_libraries(${TEST_FOLDING} PUBLIC
${Torch_LIBRARIES}
arff-files::arff-files
fimdlp::fimdlp
Catch2::Catch2WithMain
)
add_test(NAME ${TEST_FOLDING} COMMAND ${TEST_FOLDING})

168
tests/TestFolding.cc
View File

@@ -1,12 +1,19 @@
// ***************************************************************
// SPDX-FileCopyrightText: Copyright 2024 Ricardo Montañana Gómez
// SPDX-FileType: SOURCE
// SPDX-License-Identifier: MIT
// ***************************************************************
#include <catch2/catch_test_macros.hpp>
#include <catch2/catch_approx.hpp>
#include <catch2/generators/catch_generators.hpp>
#include "TestUtils.h"
#include "folding.hpp"
#include <folding_config.h>
TEST_CASE("Version Test", "[Folding]")
{
std::string actual_version = { folding_project_version.begin(), folding_project_version.end() };
std::string actual_version = FOLDING_VERSION;
auto data = std::vector<int>(100);
folding::StratifiedKFold stratified_kfold(5, data, 17);
REQUIRE(stratified_kfold.version() == actual_version);
@@ -16,10 +23,12 @@ TEST_CASE("Version Test", "[Folding]")
TEST_CASE("KFold Test", "[Folding]")
{
// Initialize a KFold object with k=5 and a seed of 19.
std::string file_name = GENERATE("iris", "diabetes", "glass");
// Initialize a KFold object with k=3,5,7,10 and a seed of 19.
std::string file_name = GENERATE("iris", "diabetes", "glass", "mfeat-fourier");
auto raw = RawDatasets(file_name, true);
int nFolds = 5;
INFO("File Name: " << file_name);
int nFolds = GENERATE(3, 5, 7, 10);
INFO("Number of Folds: " << nFolds);
folding::KFold kfold(nFolds, raw.nSamples, 19);
int number = raw.nSamples * (kfold.getNumberOfFolds() - 1) / kfold.getNumberOfFolds();
@@ -27,38 +36,52 @@ TEST_CASE("KFold Test", "[Folding]")
{
REQUIRE(kfold.getNumberOfFolds() == nFolds);
}
SECTION("Fold Test")
SECTION("Fold Test counts")
{
// Test each fold's size and contents.
for (int i = 0; i < nFolds; ++i) {
auto [train_indices, test_indices] = kfold.getFold(i);
for (int fold = 0; fold < nFolds; ++fold) {
auto [train_indices, test_indices] = kfold.getFold(fold);
// Store the indices
auto fname = "kfold_" + file_name + "_" + std::to_string(i) + ".csv";
auto fname = "kfold_" + file_name + "_" + std::to_string(nFolds) + "_" + std::to_string(fold) + ".csv";
auto indices = train_indices;
indices.insert(indices.end(), test_indices.begin(), test_indices.end());
// CSVFiles::write_csv(fname, indices);
auto expected_indices = CSVFiles::read_csv(fname);
// CHECK(indices == expected_indices);
CHECK(indices == expected_indices);
bool result = train_indices.size() == number || train_indices.size() == number + 1;
REQUIRE(result);
REQUIRE(train_indices.size() + test_indices.size() == raw.nSamples);
}
}
}
map<int, int> counts(std::vector<int> y, std::vector<int> indices)
{
map<int, int> result;
for (auto i = 0; i < indices.size(); ++i) {
result[y[indices[i]]]++;
SECTION("Duplicates & overlappings")
{
// Check that there are not duplicate samples in the training and test sets.
for (int fold = 0; fold < nFolds; ++fold) {
auto [train, test] = kfold.getFold(fold);
auto train_ = train;
auto test_ = test;
sort(train.begin(), train.end());
train.erase(unique(train.begin(), train.end()), train.end());
sort(test.begin(), test.end());
test.erase(unique(test.begin(), test.end()), test.end());
REQUIRE(train.size() == train_.size());
REQUIRE(test.size() == test_.size());
for (int i = 0; i < train.size(); i++) {
for (int j = 0; j < test.size(); j++) {
REQUIRE(train[i] != test[j]);
}
}
}
}
return result;
}
TEST_CASE("StratifiedKFold Test", "[Folding]")
{
// Initialize a StratifiedKFold object with k=3, using the y std::vector, and a seed of 17.
std::string file_name = GENERATE("iris", "diabetes", "glass");
int nFolds = GENERATE(3, 5, 10);
std::string file_name = GENERATE("iris", "diabetes", "glass", "mfeat-fourier");
INFO("File Name: " << file_name);
int nFolds = GENERATE(3, 5, 7, 10);
INFO("Number of Folds: " << nFolds);
auto raw = RawDatasets(file_name, true);
folding::StratifiedKFold stratified_kfoldt(nFolds, raw.yt, 17);
folding::StratifiedKFold stratified_kfoldv(nFolds, raw.yv, 17);
@@ -68,15 +91,9 @@ TEST_CASE("StratifiedKFold Test", "[Folding]")
{
REQUIRE(stratified_kfoldt.getNumberOfFolds() == nFolds);
}
SECTION("Stratified Fold Test")
SECTION("Stratified Fold samples counting")
{
// Test each fold's size and contents.
auto counts = map<int, std::vector<int>>();
// Initialize the counts per Fold
for (int i = 0; i < nFolds; ++i) {
counts[i] = std::vector<int>(raw.classNumStates, 0);
}
// Check fold and compute counts of each fold
for (int fold = 0; fold < nFolds; ++fold) {
auto [train_indicest, test_indicest] = stratified_kfoldt.getFold(fold);
auto [train_indicesv, test_indicesv] = stratified_kfoldv.getFold(fold);
@@ -99,20 +116,109 @@ TEST_CASE("StratifiedKFold Test", "[Folding]")
} else {
REQUIRE(train_indicest.size() + test_indicest.size() <= raw.nSamples);
}
}
}
SECTION("Stratified Fold label counting")
{
auto counts = std::vector<int>(raw.classNumStates, 0);
for (auto i = 0; i < raw.nSamples; ++i) {
counts[raw.yt[i].item<int>()]++;
}
auto counts_train = map<int, std::vector<int>>();
auto counts_test = map<int, std::vector<int>>();
// Initialize the counts per Fold
for (int i = 0; i < nFolds; ++i) {
counts_train[i] = std::vector<int>(raw.classNumStates, 0);
counts_test[i] = std::vector<int>(raw.classNumStates, 0);
}
// Check fold and compute counts of each fold
for (int fold = 0; fold < nFolds; ++fold) {
auto [train_indicest, test_indicest] = stratified_kfoldt.getFold(fold);
auto [train_indicesv, test_indicesv] = stratified_kfoldv.getFold(fold);
auto train_t = torch::tensor(train_indicest);
auto ytrain = raw.yt.index({ train_t });
// Check that the class labels have been equally assign to each fold
for (const auto& idx : train_indicest) {
counts[fold][raw.yt[idx].item<int>()]++;
counts_train[fold][raw.yt[idx].item<int>()]++;
}
for (const auto& idx : test_indicest) {
counts_test[fold][raw.yt[idx].item<int>()]++;
}
}
// Test the fold counting of every class
for (int fold = 0; fold < nFolds; ++fold) {
for (int j = 1; j < nFolds - 1; ++j) {
// Check that the different folds have the same number of samples of each class in train
for (int fold = 0; fold < nFolds - 1; ++fold) {
for (int j = fold + 1; j < nFolds; ++j) {
for (int k = 0; k < raw.classNumStates; ++k) {
REQUIRE(abs(counts.at(fold).at(k) - counts.at(j).at(k)) <= 1);
REQUIRE(std::abs(counts_train.at(fold).at(k) - counts_train.at(j).at(k)) <= 1);
}
}
}
// Check that the different folds have the same number of samples of each class in tests
for (int fold = 0; fold < nFolds - 1; ++fold) {
for (int j = fold + 1; j < nFolds; ++j) {
for (int k = 0; k < raw.classNumStates; ++k) {
REQUIRE(std::abs(counts_test.at(fold).at(k) - counts_test.at(j).at(k)) <= 1);
}
}
}
// Check that the sum of the counts of each class in the training and test sets is equal to the total count of that class.
for (int fold = 0; fold < nFolds; ++fold) {
for (int k = 0; k < raw.classNumStates; ++k) {
REQUIRE(counts.at(k) == (counts_train.at(fold).at(k) + counts_test.at(fold).at(k)));
}
}
}
SECTION("Duplicates & overlappings")
{
// Check that there are not duplicate samples in the training and test sets.
for (int fold = 0; fold < nFolds; ++fold) {
auto [train, test] = stratified_kfoldt.getFold(fold);
auto train_ = train;
auto test_ = test;
sort(train.begin(), train.end());
train.erase(unique(train.begin(), train.end()), train.end());
sort(test.begin(), test.end());
test.erase(unique(test.begin(), test.end()), test.end());
REQUIRE(train.size() == train_.size());
REQUIRE(test.size() == test_.size());
for (int i = 0; i < train.size(); i++) {
for (int j = 0; j < test.size(); j++) {
REQUIRE(train[i] != test[j]);
}
}
}
}
}
TEST_CASE("Stratified KFold quiet parameter", "[Folding]")
{
auto raw = RawDatasets("glass", true);
std::string expected = "Warning! The number of samples in class 2 (9) is less than the number of folds (10).\n";
SECTION("With vectors")
{
// Redirect cerr to a stringstream
std::streambuf* originalCerrBuffer = std::cerr.rdbuf();
std::stringstream capturedOutput;
std::cerr.rdbuf(capturedOutput.rdbuf());
// StratifiedKFold with quiet parameter set to false
folding::StratifiedKFold stratified_kfold(10, raw.yv, 17, false);
// Restore the original cerr buffer
std::cerr.rdbuf(originalCerrBuffer);
// Check the captured output
REQUIRE(capturedOutput.str() == expected);
REQUIRE(stratified_kfold.isFaulty());
}
SECTION("With tensors")
{
// Redirect cerr to a stringstream
std::streambuf* originalCerrBuffer = std::cerr.rdbuf();
std::stringstream capturedOutput;
std::cerr.rdbuf(capturedOutput.rdbuf());
// StratifiedKFold with quiet parameter set to false
folding::StratifiedKFold stratified_kfold(10, raw.yt, 17, false);
// Restore the original cerr buffer
std::cerr.rdbuf(originalCerrBuffer);
// Check the captured output
REQUIRE(capturedOutput.str() == expected);
REQUIRE(stratified_kfold.isFaulty());
}
}

9
tests/TestUtils.h
View File

@@ -6,8 +6,8 @@
#include <vector>
#include <map>
#include <tuple>
#include "ArffFiles.h"
#include "CPPFImdlp.h"
#include "ArffFiles.hpp"
#include "fimdlp/CPPFImdlp.h"
#include "folding_config.h"
bool file_exists(const std::string& name);
@@ -45,11 +45,12 @@ class Paths {
public:
static std::string datasets()
{
return { folding_data_path.begin(), folding_data_path.end() };
std::string result = { folding_data_path.begin(), folding_data_path.end() };
return result + "/";
}
static std::string csv()
{
return { folding_csv_path.begin(), folding_csv_path.end() };
return datasets() + "../csv/";
}
};
class CSVFiles {

768
tests/csv/kfold_diabetes_10_0.csv Normal file
View File

@@ -0,0 +1,768 @@
203
724
671
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